Het VLAREM bepaalt dat de exploitant van ingedeelde inrichtingen als normaal zorgvuldig persoon steeds de beste beschikbare technieken moet toepassen ter bescherming van mens en milieu, en dit zowel bij de keuze van behandelingsmethodes op het niveau van de emissies, als bij de keuze van bronbeperkende maatregelen, zoals bijvoorbeeld aangepaste productietechnieken en -methoden, en grondstoffenbeheersing. De BBT vormen in Vlaanderen de referentie voor de vaststelling van de algemene, sectorale en bijzondere vergunningsvoorwaarden. Het VLAREM en de omgevingsvergunning verzekeren de vergunningverlenende overheden dat de milieuvoorwaarden van de installaties in Vlaanderen gebaseerd zijn op de BBT.
De emissiegrenswaarden, de gelijkwaardige parameters en de gelijkwaardige technische maatregelen in de Vlaamse milieuwetgeving zijn gebaseerd op BBT zonder dat daarmee het gebruik van een bepaalde techniek of technologie wordt voorgeschreven. Indien de lokale omstandigheden dit vereisen is het mogelijk dat strengere voorwaarden worden opgelegd. Indien de lokale milieukwaliteitsnormen (MKN) strengere voorwaarden vereisen dan die welke door toepassing van de BBT haalbaar zijn, worden strengere voorwaarden opgelegd in de omgevingsvergunning.